Così come siamo dotati di un sistema immunitario che provvede a guarire le ferite fisiche, abbiamo anche un naturale sistema di riparazione delle ferite dell'anima. Per guarire, la nostra mente mette in campo le proprie risorse. Gli eventi traumatici non vengono cancellati ma rielaborati in modo adattivo, permettendoci di andare avanti spesso con risorse aggiuntive che ci serviranno per affrontare altre difficoltà. Il passato resta nel passato e noi possiamo proseguire il nostro percorso di vita.
Quando un trauma rimane irrisolto, invece, diventa parte di un circolo vizioso di pensieri, emozioni e sensazioni corporee disturbanti. Numerosi studi ci dimostrano che i ricordi traumatici sono immagazzinati nel cervello in modo differente dai ricordi non traumatici. I primi si collocano soprattutto nell'emisfero destro, separati dai ricordi positivi come se fossero congelati in uno spazio-tempo diversi dal resto dei nostri vissuti. Qui continuano ad agire, ma queste sono "cicatrici", sono cioè il ricordo di ciò che è successo.
Proprio queste "cicatrici" sono tracce di memoria che provocano sofferenza anche a distanza di molti anni dall'evento vissuto e che portano le persone a sviluppare sintomi specifici come attacchi di panico, ansie, fobie. Le stimolazioni bilaterali esercitate sul paziente con il trattamento EMDR hanno lo scopo di favorire una migliore comunicazione tra gli emisferi e si basano su un processo neurofisiologico naturale, simile a quello che avviene nella fase di sonno REM.
Dopo una psicoterapia con EMDR le persone ricordano ancora l'evento, ma sentono che tutto ciò fa parte del passato ed è integrato in una nuova prospettiva, più adulta. Dopo una o più sedute, i ricordi disturbanti legati all'esperienza spiacevole si modificano: i pensieri intrusivi si attutiscono o spariscono e le emozioni e le sensazioni corporee si riducono d'intensità oppure sparicono anch'esse.